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QIAGEN CLC Genomics Server

CLC Genomics Server は、セントラル・コンピューティング・クラスターまたはサーバーで使用するように設計された、高出力シークエンシング解析用のマルチユーザー型企業用ソリューションです。強力なバイオインフォマティクス解析の提供に加え、デスクトップシステムの容量を超えるデータ量を処理し、独自のキューイング・システムやサードパーティのグリッド・スケジューラへのジョブの送信を介して多くのジョブの送信を効果的に管理できます。 CLC Genomics Server を簡単に、かつ直感的に使用できるようにするために、アドミニストレーション用グラフィカルインターフェイスが含まれており、 CLC Genomics Workbench のユーザーフレンドリーなグラフィカルメニューシステムやコマンドラインを使用して、ジョブをCLC Genomics Serverに送信することができます。

科学をサポート

QIAGEN CLC Genomics Server は、fastq、fasta、BAM、VCF、BEDなどの主要なバイオインフォマティクスファイル形式のインポートとエクスポートをサポートし、多くのアプリケーション領域で次世代シークエンシングデータ解析用 バイオインフォマティクスツール を提供します。プラグインはその機能をさらに拡大し、バイオメディカル解析、 微生物ゲノム解析、および  QIAseq パネルデータ解析などのアプリケーションにすぐに使用できるワークフローの提供などが含まれています。 QIAGEN CLC Workbenches のワークフローは、QIAGEN CLC Genomics Server で実行するか、QIAGEN CLC Genomics Server に直接エクスポートしてインストールし、同じワークフローを同じ設定で複数のユーザーが使用できるようにすることも可能です。

自由に拡張、カスタマイズ

QIAGEN CLC Genomics Server は、QIAGEN ジョブノードセットアップとして、または DRMAA インターフェイスを介して既存のグリッドセットアップと統合することにより、コンピュータークラスター上での稼働が可能です。下記のシステムでのグリッド統合が、すでに確認済みです。

  • SLURM 16.05.2
  • UNIVA 8.4.1
  • LSF 9.1.1 および 10.1
  • PBS Pro 14.2.1

中央データストレージシステムからマウントし、コンピューティングクラスターまたはサーバーに接続したデータフォルダーには、サーバーまたはクライアントインターフェイスを介してアクセスできます。グループレベルのアクセスコントロールは、LDAP、Active Directory、または内蔵型アクセスシステムを介して適用できます。これにより、管理者は、特定のデータフォルダーに対する読み取りや書き込み許可など、サーバーのさまざまな側面へのアクセス権や、特定のタスクのラン、特定のグリッドキューへのアクセスなどのユーザー権限を微調整することができます。

QIAGEN CLC Genomics Server の External Applications機能により、多くのオープンソースバイオインフォマティクスツールなどの非インタラクティブなコマンドラインソフトウェアを統合することができます。これによって、QIAGEN CLC Genomics Workbenchのグラフィカルメニューシステムを介して、独立して、ワークフローの一部として、あるいは、CLC Server Command Line Toolsを用いて、それらのソフトウェアを起動することができます。

加えて、API と当社の Software Development Kit が利用する柔軟なプラグインシステムにより、自身のアルゴリズムを直接ソフトウェアに緊密に統合し、QIAGEN CLC Genomics Server のクライアントソフトウェアを介して起動することも可能です。

さらなる機能のカスタマイズについては、コンサルティング、開発、トレーニング、他の専門的サービスの包括的パッケージソフト提供する QIAGEN CLC Informatics Custom Solutions チーム,にお問い合わせください。

One unified environment

Using external applications with
Whole Exome Sequencing Benchmark
Using CLC Command Line Tools

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システムの要件

QIAGEN CLC Genomics Server に関するシステムの要件は、当社の 一般システム要件ページユーザーマニュアルから入手できます。

QIAGEN CLC Genomics Server ジョブノードとグリッドノードは、マスターノードと同じタイプのオペレーティングシステムで稼働する必要があります。

クライアント

QIAGEN CLC Genomics Server での解析は、 QIAGEN CLC Genomics Workbench または CLC Server Command Line Toolsを使用して開始できます。

最新の改善

新機能、バグ修正、プラグインなどのアップデートや改善を頻繁にリリースしています。最近の変更の完全なリストは、 「最新の改善」 ページに記載しています。

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